バイオ情報計測学講座活動記録

2019年10月21日月曜日

第13回メタボロームシンポジウム

毎年私たちのラボから参加しているメタボロームシンポジウムが筑波大学で行われ、松田教授が13C標識割合の新しい解釈法について、岡橋助教が呼吸鎖阻害時の代謝アダプテーション過程の網羅的計測について発表しました。

また同時に行われた若手会では津川先生による未知代謝物の同定法セミナーが行われ、参加者同士の交流も深めました。

次回は山形県鶴岡市の慶応先端研で行われるとのことで、来年度も楽しみです。

2019年10月8日火曜日

代謝マップ合宿

メタボローム解析を行った際、分析結果をパスウェイマップに載せてと可視化する作業は時間のかかる作業です。

簡単に代謝マップを作れたらいいなという要望に応えるために、バイオ情報計測学講座では先生学生みんなで代謝マップを作る合宿を行いました。

合宿ということで、みんなで中華の出前を取って気合を入れている図です。
夜は激辛鍋を食べて打ち上げをしました！

代謝マップの描画にはVANTEDという専用ソフトを使っています。
http://vanted.sourceforge.net/

これは白地図というデータの入っていない代謝マップを作成しておくと、
以後、専用のテンプレートにメタボロームデータを張り付けるだけで、
一瞬で代謝マップにデータを描画できるというソフトです。
こんな感じでエラーバーも付けられますし、設定すれば有意差検定も自動でできます。

現在私たちのラボで作った白地図はこちらで公開していますので、
興味のある方はぜひ使ってみてください。
https://github.com/fumiomatsuda/blankmaps

もし間違い等を見つけられた方は、ぜひ松田まで連絡お願いします。

2019年9月24日火曜日

9/16-18　日本生物工学会＠岡山

9/16-18は岡山大学津島キャンパスで行われた第71回日本生物工学会大会に参加しました。

私たちのラボからはＭ1の学生が4人参加し、口頭発表を行いました。

また、松田教授のランチョンセミナーは好評だったらしいです。見に行きたかった…

帰りは岡山を観光し、小豆島ラーメンを食べました。完

2019年9月6日金曜日

8/29-30 新学術若手合宿

私たちの研究室は新学術領域代謝統合オミクスに参画しています。

http://transomics.umin.jp/index.html

8/29-30はこの領域の若手合宿に参加しました。

領域内のお互いの研究に理解を深め、コラボレーションを作っていこうという企画でした。

私たちのラボからM1,M2の学生さんたちがポスター発表に参加し、他分野の先生方とのディスカッションを通して、トランスオミクス手法の理解や自分の研究に足りない部分の認識につながったようです。

今後ますますの研究発展が期待できる若手合宿でした。

2019年8月24日土曜日

8/20-21 講座旅行@福井

今年の講座旅行は福井に行きました。

今回の目玉イベントはアスレチックです。
10mぐらいの高さにある足場やロープを命綱をつけてわたっていくやつです。
これスリルがあってめちゃくちゃおもしろいです！

晩御飯はBBQです。汗を流した後のごはんは格別でした。
助教の誕生日に学生のみなさんがサプライズケーキまで準備してくれました！
夜は遅くまで宴会で盛り上がりました。

翌日は福井の名所観光ということで東尋坊と恐竜博物館に行きました。
福井は自然が豊かで素晴らしいところだと実感できました。

普段はできない体験がたくさんできて、とても楽しい講座旅行でした。
幹事のみなさんありがとうございました。

2019年7月29日月曜日

バイオ計測サイエンス研究部会活動

日本プロテオーム学会/日本電気泳動学会合同大会2019＠宮崎において、日本生物工学会バイオ計測サイエンス研究部会のサテライトワークショップ行い、岡橋助教がフラックス解析のノウハウについて発表しました。

日本生物工学会のバイオ計測サイエンス研究部会では、年に数回、計測に関する様々なイベントを実施しています。

https://www.sbj.or.jp/division/division_bio_analysis.html

今回のサテライトシンポジウムでは、代謝フラックス解析の原理やノウハウ、注意点について解説しました。

今後もいろいろなイベントを実施していきますので、参加者大募集中です。

今回はプロテオーム学会ということで、大規模質量分析データを解析するショートコースにも参加し、方法論を学びました。

https://jpros2019.jpostdb.org/

これまで私たちのラボでは、MRMを用いたターゲットプロテオミクスで中心炭素代謝の酵素量を定量してきましたが、今後はノンターゲットプロテオミクスも積極的に実施していきます！

メロン 7/29

みんなでメロンを食べました。
めちゃくちゃ甘くておいしいメロンでした。
冷やしてはいけないらしいです。