第13回メタボロームシンポジウム

毎年私たちのラボから参加しているメタボロームシンポジウムが筑波大学で行われ、松田教授が13C標識割合の新しい解釈法について、岡橋助教が呼吸鎖阻害時の代謝アダプテーション過程の網羅的計測について発表しました。

また同時に行われた若手会では津川先生による未知代謝物の同定法セミナーが行われ、参加者同士の交流も深めました。

次回は山形県鶴岡市の慶応先端研で行われるとのことで、来年度も楽しみです。

代謝マップ合宿

メタボローム解析を行った際、分析結果をパスウェイマップに載せてと可視化する作業は時間のかかる作業です。

簡単に代謝マップを作れたらいいなという要望に応えるために、バイオ情報計測学講座では先生学生みんなで代謝マップを作る合宿を行いました。

合宿ということで、みんなで中華の出前を取って気合を入れている図です。
夜は激辛鍋を食べて打ち上げをしました！

代謝マップの描画にはVANTEDという専用ソフトを使っています。
http://vanted.sourceforge.net/

これは白地図というデータの入っていない代謝マップを作成しておくと、
以後、専用のテンプレートにメタボロームデータを張り付けるだけで、
一瞬で代謝マップにデータを描画できるというソフトです。
こんな感じでエラーバーも付けられますし、設定すれば有意差検定も自動でできます。

現在私たちのラボで作った白地図はこちらで公開していますので、
興味のある方はぜひ使ってみてください。
https://github.com/fumiomatsuda/blankmaps

もし間違い等を見つけられた方は、ぜひ松田まで連絡お願いします。